元明清天妃宫遗址博物馆位于天津市河东区大直沽中路51号，为天津市第一座考古遗址博物馆，也是目前国内唯一一座妈祖文化遗址博物馆。其建馆缘于大直沽天妃宫遗址的考古发掘和保护。元明清天妃宫遗址博物馆是了解天津悠久历史、呈现天津深厚文化底蕴，讲好天津故事的重要文化阵地和窗口。

1998年11月至1999年1月，市考古部门因大直沽平房改造工程对天妃宫遗址进行了考古发掘，发掘出天妃宫明清大殿基址和元代建筑基址，出土了大量金、元、明、清各时期的建筑构件和生活用品，并探明天妃宫遗址为天津市市内文化堆积最厚的遗存，较好地反映了金元以来天津城市历史文化演变发展的脉络，是研究天津古代历史、文化、艺术、科学极其重要的物质资料。经国家文物局考古专家组论证认定，大直沽为天津市城市的原生点，天妃宫则是天津城市原生点的标志。2002年天妃宫遗址被天津市人民政府公布为天津市文物保护单位，并建成元明清天妃宫遗址博物馆对遗址进行保护和展示。2006年被国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。2018年12月23日，博物馆完成提升改造并重新对外开放。